Η Σοφία εργάζεται στο Μουσείο Μπενάκη από το 1998. Έχει συντονίσει και επιμεληθεί πολλές εκθέσεις και εκδόσεις, ερευνητικά προγράμματα, δημόσιες δράσεις, πολιτιστικές συνεργασίες και δίκτυα που αφορούν σύγχρονες μουσειακές πρακτικές, με σημαντικότερα την ίδρυση και φιλοξενία του ετήσιου Διεθνούς Συνεδρίου για τα Μουσεία που διοργανώνεται σε συνεργασία με την Πρεσβεία των Η.Π.Α. και το British Council από το 2011, και τον συντονισμό του πρώτου στην Ελλάδα Δικτύου Επαγγελματιών Μουσείων, με την υποστήριξη του British Council. Ως Επιμελήτρια του τμήματος των Πολιτισμών του Κόσμου, η Σοφία δίνει προτεραιότητα στην ευαισθητοποίηση του κοινού σε ζητήματα πολιτιστικής διαφορετικότητας και κοινωνικής ενσωμάτωσης. Έχει προσκληθεί σε κριτικές επιτροπές, εργαστήρια κατάρτισης, ειδικές διαβουλεύσεις και δημόσιες συνομιλίες και είναι μέλος διεθνών δικτύων αποφοίτων, συμπεριλαμβανομένου του Bosch Alumni Network και του International Visitor Leadership Program Alumni (2019). Συνεργάζεται επίσης με τον Δήμο Αθηναίων στο έργο R.O.C.K., ως ειδική σύμβουλος σε ζητήματα πολιτισμικής δημοκρατίας και πρόσβασης στον πολιτισμό. Η Σοφία είναι εθελόντρια και Αντιπρόεδρος της μη κερδοσκοπικής οργάνωσης HOPEgenesis για την καταπολέμηση της υπογεννητικότητας και εθελόντρια στην Ομάδα Αιγαίου για τη βελτίωση της ζωής στα ελληνικά νησιά. Με διδακτορικό από το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, η Σοφία Χανδακά είναι κοινωνική ανθρωπολόγος, ειδικευμένη στη μελέτη του υλικού πολιτισμού και των μουσείων, με μεγάλη εμπειρία στην πολιτιστική διαχείριση και στην πολιτιστική κληρονομιά.